از اوت 2002 هم‌زمان با تبلیغات انحرافی منافقین در مورد سایت‌های اتمی ایران و متعاقب آن درخواست آژانس برای تصویب پروتکل الحاقی تا سفر ژانویه 2003 مدیرکل وقت به ایران و تأیید صلح‌آمیز بودن برنامه اتمی و سپس آغاز فشارهای حقوقی- سیاسی علیه ایران در آژانس با محوریت آمریکا و برخی کشورهای اروپایی که اوج آن، در فوریه 2006 و ارسال پرونده ایران از آژانس به شورای امنیت بود همچنین تا زمان توافق هسته‌ای و تائید اقدامات ایران طبق برجام، آژانس همواره نقش مهمی در این بحران ایفا کرده است. درمجموع می‌توان 5 نقطه عطف مهم در روابط ایران و آژانس را این‌گونه برشمرد: 1. تصویب پروتکل الحاقی، 2. ارجاع پرونده به شورای امنیت، 3. موضوع PMD، 4. تائید انجام تعهدات ایران پس از برجام و 5. اقدامات آژانس پس از خروج آمریکا از برجام.

پذیرش اجرای پروتکل الحاقی در سال 2003 و تعلیق غنی‌سازی توسط ایران، نشانه‌ای از رویکرد تهران برای حل‌وفصل بحران ساختگی اتمی بود. در مقابل، آژانس تحت‌فشار آمریکا و اروپا، مسئله سانتریفیوژهای P2، عناصر مشترک برنامه فرآوری ایران و لیبی و کامل نبودن اظهارنامه اکتبر 2003 ایران را مطرح کرد و تصمیم گرفت موضوع ایران در دستور کار آژانس باشد. در اجلاس‌های بعدی سال 2004 شورای حکام نیز صدور قطعنامه علیه ایران ادامه یافت و همکاری ایران، ناقص توصیف شد. از این مقطع تا فوریه 2006 و ارجاع پرونده به شورای امنیت، برخلاف تعهدات اروپا در توافق پاریس، ترتیبات مشخصی جهت حل موضوع اتمی ایران ارائه نشد؛ درحالی‌که ایران ‌غنی‌سازی و فعالیت‌های UCF اصفهان را هم تعلیق کرده بود. در پایان این فرایند نیز با فشار آمریکا و در جلسه اضطراری به درخواست آمریکا و اروپا، در فوریه 2006 پرونده ایران به شورای امنیت ارجاع شد. از این بازه زمانی تا توافق اتمی، هرچند دو طرف در مورد مسائل مهمی توافق کردند، اما آژانس همچنان بر توقف غنی‌سازی، اجرای قطعنامه‌های شورای امنیت و تصویب پروتکل الحاقی تأکید داشت.

سه‌نقطه عطف بعدی، بعد از برجام حادث شدند. بسته شدن پرونده PMD در 15 دسامبر 2015 به‌عنوان یکی از مبانی نهایی شدن برجام و تائید انجام تعهدات ایران توسط آژانس، بیشتر در فضای پس از توافق و قبل از خروج آمریکا از آن بود؛ اما تعلیق اجرای پروتکل الحاقی از سوی ایران و طرح مجدد برخی ادعاها علیه تهران توسط آژانس، پس از خروج آمریکا از برجام و عدم انتفاع ایران از این توافق رخ داد. لذا می‌توان گفت در هر 5 مقطع مذکور، ایران به تعهدات خود پایبند بوده و تنها پس از خودداری طرف مقابل در اجرای تعهدات، به سمت كاهش تعهدات براساس حقوق پيش بيني شده در برجام حرکت کرده است.

درمجموع می‌توان گفت که رويكرد آژانس نسبت به ايران به جاي اتكا به اصول حقوقي، فني و حرفه اي، تحت فشارهاي سياسي بوده است و این آژانس است که باید این رویه را اصلاح کند. به‌عنوان‌مثال آژانس در مورد ایران، بعد از صدور قطعنامه 1737 شورای امنیت، برخلاف مسئولیت و وظیفه خود، از ارائه کمک‌های فنی در پروژه‌های مختلف به ایران خودداری کرد و بدین ترتیب، ضمن استفاده ابزاری از این کمک‌ها، ملاحظات سیاسی و غیرفنی را در ارائه آن‌ها، دخالت داد. این رهیافت سیاسی نسبت به موضوعات فنی، منبعث از تصمیمات سیاسی شورای امنیت بود و اعتبار، صلاحیت و بی‌طرفی این نهاد را زیر سؤال می‌برد.

نکته مهم دیگر تصویب چند قطعنامه علیه ایران در شورای حکام (قبل از برجام) به پیشنهاد برخی کشورهای غربی است. تشخیص عدم پایبندی ایران به توافقات و معاهدات، بر عهده بازرسان آژانس است؛ اما آژانس در برابر فشار و اعلام عدم پایبندی ایران توسط چند کشور، سکوت اختیار و مسئله را از حالت حرفه ای و فنی خارج کرد.

ضمناً نباید فراموش کرد که وفق ماده 3 اساسنامه آژانس، «چنانچه این نهاد با مسائلی مواجه شود که در صلاحیت شورای امنیت قرار دارد، آن شورا را به‌عنوان مسئول حفظ صلح و امنیت بین‌المللی، مطلع خواهد ساخت»؛ اما هیچ‌یک از گزارش‌های مدیرکل آژانس، فعالیت‌های اتمی ایران را به‌عنوان تهدید علیه صلح و امنیت بین‌المللی توصیف نکرده بودند. لذا ارجاع پرونده به شورای امنیت نیز فاقد وجاهت قانونی و صرفاً باانگیزه‌های سیاسی صورت گرفته بود.

در پایان، باید تأکید شود که با توجه به بند پیشین، نگاه فنی، حرفه ای و غیرسیاسی به پرونده اتمی ایران، نه یک انتخاب، بلکه یک ضرورت است. اتخاذ این امر، هم موجب جلب همکاری‌های بیشتر تهران خواهد شد و هم استقلال و بی‌طرفی حرفه‌ای آژانس را حفظ خواهد کرد. ضرورت این رویکرد در زمان فعلی- که ایران، طبق برجام و در پاسخ به عدم پایبندی طرف مقابل، تعهدات خود را کاهش داده و علیرغم عدم اجرای پروتکل الحاقی، به الزامات کلی آژانس پایبند است و همچنین تلاش طرف مقابل برای استفاده ابزاری مجدد از آژانس برای بحران‌سازی، دوچندان است.

نکته پایانی اینکه آژانس برای نشان دادن صحت ادعای خود، مبنی بر اتخاذ رویکرد حرفه‌ای و غیرسیاسی، باید به این واقعیت توجه کند که به‌واسطه توافق‌نامه‌های متعدد ازجمله برجام، بازرسی‌های شبانه‌روزی و مکرر از ایران داشته است، اما در قبال اقدامات خرابکارانه علیه تأسیسات اتمی، تروریسم هسته‌ای و ترور دانشمندان ایرانی، سکوت کرده كه نشانگر سياسي و غير حرفه اي عمل كردن آن است. لذا این نهاد باید، در کنار نقش نظارتی، صیانت از حقوق کشورهای عضو را نیز مدنظر قرار دهد تا ادعای فنی و حرفه‌ای بودن آن، موردپذیرش قرار بگیرد.